Citrin bildet sich wie die meisten anderen Quarze vorwiegend magmatisch in Pegmatit mit granitischer Zusammensetzung. Natürliche Citrine sind allerdings recht selten und blass gelb mit leichtem Pleochroismus. Bei den meisten im Handel befindlichen Citrinen handelt es sich um orange gelbe, gebrannte Amethyste.
Natürliche Citrinvorkommen liegen unter anderem in Argentinien, Birma, Brasilien (Maraba, Minas Gerais, Goiás, Rio Grande do Sul), Frankreich (Dauphine), Madagaskar, Russland (Ural), Spanien (Salamanca, Cordoba), USA.
Citrinzonen in Amethysten sind bekannt beispielsweise aus Indien (Hyderabad) oder Brasilien (Minas Gerais) sowie in Citrinsektoren im Ametrin in Bolivien (Amahi-Mine). Von wenigen Lokalitäten weltweit sind natürliche, gebrannte Amethyste bekannt.
